Naruto a pour mission de capturer Mukade, un ninja déserteur. Il poursuit ce dernier, et le coince dans les ruines historiques de « Ôran ». Le but de Mukade se révèle être un des points d'un alignement de sites, perdu au milieu des ruines ; il relâche la puissance de celui-ci, provoquant une lumière qui enveloppe Naruto et l'envoie dans le passé, 20 ans avant le début de la série. Quand Naruto se réveille, il entre en contact avec le 4e Hokage, son père, Minato Namikaze.